染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)的原理是：在生理狀態(tài)下把細(xì)胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起，通過超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后，利用抗原抗體的特異性識別反應(yīng)，將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)一般包括細(xì)胞固定，染色質(zhì)斷裂，染色質(zhì)免疫沉淀，交聯(lián)反應(yīng)的逆轉(zhuǎn)，DNA的純化，以及DNA的鑒定。因?yàn)镃hIP實(shí)驗(yàn)涉及的步驟多，結(jié)果的重復(fù)性較低，所以對ChIP實(shí)驗(yàn)過程的每一步都應(yīng)設(shè)計(jì)相應(yīng)的對照，而且對結(jié)果的分析也需要有一定的經(jīng)驗(yàn)。

　　染色質(zhì)免疫沉淀的DNA適用于多種分析方法。如果目的蛋白的靶序列是已知的或需要驗(yàn)證的，可采用狹縫雜交（Slotblot）的方法，把靶序列特異性探針與染色質(zhì)免疫沉淀的DNA雜交，來驗(yàn)證目的蛋白與DNA靶序列的特異性結(jié)合。還可以根據(jù)靶序列設(shè)計(jì)引物，用半定量PCR的方法進(jìn)行測定，或采用Real-timePCR方法進(jìn)行定量分析。如果目的蛋白的靶序列是未知的或高通量的（high-throughput），可采用Southern雜交。但因?yàn)槊庖叱恋淼腄NA量較少，所以在研究時通常要用PCR方法擴(kuò)增DNA探針，再進(jìn)行整個基因組掃描。還可以把沉淀的DNA克隆到載體中，進(jìn)行測序，尋找該序列附近的開放閱讀框，發(fā)現(xiàn)新的基因調(diào)節(jié)序列。